L'Hospital de Santa Coloma de Farners es va instal·lar a l’antic Balneari de les Termes Orion fundat a mitjants del segle XIX. Des de juliol de 1936 el balneari va acollir refugiats d’altres llocs de l’Estat espanyol: a mitjan desembre de 1936 acull 170 refugiats procedents de l’Aragó. Amb l’arribada, el setembre de 1937, de 60 refugiats bascos la suma total de refugiats a la població ja era de 420 persones, vingudes de l’Aragó, Santander i Euskadi. L’abril de 1938 encara arriben 250 refugiats aragonesos El balneari acollí també una colònia infantil. A la primavera de 1938, quan l’Exèrcit hi instal·là un hospital de guerra dedicat principalment als ferits de les Brigades Internacionals, totes les persones refugiades foren desallotjades de l’edifici.
L'Hospital, que rebé la denominació Clínica Militar Número 5, va prestar servei entre el mes d’abril de 1938 i el gener de 1939. Pocs dies després, el 4 de febrer de 1939, les tropes franquistes arribaren a la capital de la Selva.
La seva funció, més que la d’un hospital base, amb equips quirúrgics actius per a operar i tractar les ferides dels soldats traslladats del front, sembla que va ser la d’un centre de recuperació i rehabilitació dels combatents per aconseguir-ne la ràpida reincorporació al seu destí. Disposava de 247 llits, distribuïts per les diferents dependències del conjunt del balneari; dues ambulàncies, un camió, una camioneta i un vehicle lleuger i no hi ha constància que disposés de quiròfan.
Al llarg dels mesos que va estar en funcionament, l’hospital va arribar a tenir fins a tres metges en el paper de director o Jefe de Servicios: Sidney Vogel, cirurgià, Raymund Rhodes i Antoni Rallo Tomàs, especialista en malalties de l’aparell respiratori, el darrer metge director.
Alguns dels metges que hi van treballar van ser: Henry S. Bury, cirurgià anglès, Karl Ignaz Bauer, Maxim Laufer, cirurgià especialitzat en ortopèdia, Jadwiga Kanner, Vlasta Veselá, Mirjam Lipka Rudina-Vitlina, neuròloga, Alice Chrétien, casada amb Henri Chrétien, Antal Nebl, etc. També van estar en aquest hospital, el farmacèutic Victor Himmelfarb i els infermers Òscar Soler, Erik Karl Nilsson, Steffi Bauer, Florence Pike, Eveline Sparling, Lisa Gavric, Dora Sukaite, Rose Weiner, Rosaleen Stella Smyth, entre altres.

Per l’hospital del Balneari van passar soldats de moltes nacionalitats i procedències. Hi havia un predomini d’originaris de països del centre i de l’est d’Europa, com ara alemanys, polonesos, txecs, russos i ucraïnesos; però també hi trobem anglesos, francesos, italians i americans. Durant el període en què va funcionar només consten sis morts. Fou fonamentalment un centre d’evacuació del personal sanitari internacional com a pas previ per a la seva repatriació; un paper que també va correspondre a altres hospitals, com els de S’Agaró o Moià.